Η βιολογική γεωργία χρησιμοποιεί πρακτικές που αυξάνουν τη δέσμευση του άνθρακα στο έδαφος, ο οποίος είναι πηγή τροφής για τα φυτά και συμβάλλει στη βιοποικιλότητα του εδάφους.
Επίσης, έχει την ικανότητα να συγκρατεί πολύ νερό, με αποτέλεσμα τα εδάφη που είναι πλούσια σε άνθρακα να έχουν καλύτερη δομή. Μερικές από τις πρακτικές που χρησιμοποιεί η βιολογική γεωργία για να ενισχύσει τη γονιμότητα του εδάφους και να «κρατήσει» περισσότερο άνθρακα είναι η λίπανση μέσω κοπριάς και η κομποστοποίηση των υπολειμμάτων της συγκομιδής.
Προτείνεται, επίσης, η εναλλαγή στη σειρά των καλλιεργειών και η μείωση του βάθους του οργώματος. Σε μελέτη που πραγματοποιήθηκε στην Ελβετία, στην οποία έγινε χρήση των παραπάνω πρακτικών, σύμφωνα με την τεχνολογική πλατφόρμα του IFOAM, η δέσμευση του άνθρακα στις βιολογικές καλλιέργειες αυξήθηκε κατά 870 κιλά άνθρακα το στρέμμα για έναν χρόνο σε σχέση με τις συμβατικές καλλιέργειες.
